(Виленской и Литовской епархии), в Вильнюсе (Литва). Основан на рубеже XVI-XVII вв. членами виленского православного Свято-Духовского братства, первоначально существовавшего при виленском во имя Св. Троицы мон-ре. По распоряжению принявшего Брестскую унию митр. Ипатия Потея в окт. 1599 г. был закрыт принадлежавший братству придел Троицкого храма. Ок. 1600 г. братчики перешли в возведенную в Вильно в 1597 г. ц. в честь Сошествия Св. Духа. Хотя королевский указ 1596 г. запрещал строительство правосл. церквей, Свято-Духовский храм был возведен на земле и на средства правосл. дворянок Феодоры и Анны Волович, занимавших высокое общественное положение (Феодора была замужем за брестским воеводой, Анна - за смоленским). Не позднее 1605 г. при Свято-Духовском храме сложилась муж. обитель с небольшим жен. отделением. К авг. 1609 г. храм являлся единственной правосл. церковью в Вильно, остальные были переданы униатам. Под опеку В. м. перешли братские типография и школа, в к-рых трудились насельники мон-ря, в т. ч. Леонтий (Карпович), ставший одним из первых настоятелей обители, Мелетий (Смотрицкий) и др. С самого начала существования В. м. страдал от нападений со стороны униатов - насельников Троицкого мон-ря.
В. м. являлся ставропигиальным, подчинялся К-польскому Патриарху. К обители перешли права ставропигии, данные виленскому братству посетившим Вильно в 1588 г. К-польским Патриархом Иеремией II. Мон-рь существовал за счет денежных сборов и вкладов, поступавших от членов братства. В 1616 г. кн. Б. М. Огинский пожаловал мон-рю 2 дома в Вильно с хозяйственными постройками, затем двор в мест. Евье Трокского у. (ныне г. Вевис, Литва) с постройками, садами, огородами, землями и крестьянами, а также 6 озер.
После публикации в братской типографии антикатолич. и антиуниатского соч. Смотрицкого «Θρῆνος, to jest Lament, iedyney ś. powszechney apostolskiey Wschodniey Cerkwie, z obiaśnieniem dogmat wiary» (Плач единой святой соборной апостольской Церкви, с объяснением догматов веры) последовал королевский указ об уничтожении книг, изданных Виленским братством. На нек-рое время типография прекратила свою деятельность, вскоре она возобновила работу в Евье. В 1618 г. в Евье было напечатано соч. «Киновион, или Изображение евангельского иноческого общего жития», исследователи считают его уставом В. м. Насельники обители занимались переводами с греч. на церковнослав. язык и на просту мову (западнорус. лит. язык); в братской типографии были изданы «Молитвеник, или Требник... Из греческаго языка на словенский преведеныи и истинно изследованыи» (Вильно, 1618), «Евангелие учителное, албо Казаня на кождую неделю и свята урочистыи» Каллиста, Патриарха К-польского (Евье, 1616), «Духовныи беседы о доконалстве христиан православных» прп. Макария Египетского (Вильно, 1627), толкование свт. Иоанна Златоуста на молитву «Отче наш» - перевод Леонтия (Карповича) - «На Отче наш выклад з грецкого на руский» (Вильно, 1620).
Патроны правосл. мон-рей Литвы, бессильные самостоятельно противостоять натиску гос-ва и католич. Церкви, отдавали находившиеся на их землях правосл. обители под опеку Виленского братства и В. м. Под управлением последнего состояли мон-ри: Петропавловский муж. в Минске (передан братству в 1613 основательницей мон-ря Е. Г. Стецкевич), минский Петропавловский жен. мон-рь (передан В. м. в 1618), Селецкий жен. в Минском воеводстве (основан ок. 1609), Цеперский Крестовоздвиженский муж. (основан К. Б. Долматом в 1618 как подчиненный В. м.), Успенский мон-рь в Евье (основан кн. Огинским в 1619 как подчиненный В. м.), Преображенский, основанный в 1609 г. кн. А. Корибутом-Вишневецким, слуцкий Троицкий, Купятицкий (создан в 1629/30 как подчиненный В. м.), Сурдегский Свято-Духовский (передан Виленскому братству А. Ставецкой-Городенской в 1636) и др. мон-ри. В. м. посылал в подчиненные ему обители исправных в иноческой жизни насельников, ставил настоятелей.
Мн. насельники В. м. занимали архиерейские кафедры Западнорусской митрополии. В 1620 г. Иерусалимский Патриарх Феофан IV восстановил правосл. западнорус. иерархию. Настоятель В. м. архим. Леонтий (Карпович) был избран епископом Владимирским и Брестским. Архим. Леонтий скончался, не успев получить хиротонии, во архиепископа Полоцкого в том же году был хиротонисан др. насельник В. м.- Мелетий (Смотрицкий), ставший после своего возвращения в Вильно настоятелем мон-ря. В 1623-1633 гг. во главе В. м. стоял архим. Иосиф (Бобрикович; с 1633 еп. Мстиславский), к-рый добился от светских властей разрешения на строительство в обители каменной церкви. 18 марта 1633 г. вступивший на престол кор. Владислав IV Ваза пожаловал В. м. грамоту на постройку храма «по подобию других церквей и костелов, а не в виде крепости». Грамотой также подтверждался статус мон-ря при Свято-Духовском храме как общежительного по чину свт. Василия Великого; к обители приписывались 17 муж. и 2 жен. мон-ря. Братии разрешалось получать пожертвования, беспрепятственно распоряжаться движимым и недвижимым имуществом, а судебные дела рассматривать в суде высшей инстанции - в главном трибунале. В 1634 г. в В. м. был построен каменный храм Сошествия Св. Духа на апостолов с приделами во имя равноапостольных Константина и Елены и ап. Иоанна Богослова. При В. м. продолжало существовать уч-ще, конгрегации правосл. студентов и учеников монастырского уч-ща принадлежал Константино-Еленинский придел Свято-Духовского храма.
После поставления Иосифа (Бобриковича) на Мстиславскую кафедру настоятелями В. м. являлись Митрофан (Дементьянович; упом. в 1635), затем Самуил (Шитик-Залесский; упом. в 1637), происходивший из местной шляхты. Вместе со званием настоятеля («старшего») мон-ря Самуил носил также титул «наместника митрополии в Великом княжестве Литовском», т. е. ему подчинялось все правосл. духовенство митрополичьей епархии. В нояб. 1637 г. игумен В. м. Леонтий (Шитик-Залесский) ездил в Москву и получил от царя Михаила Феодоровича 200 р. в качестве пожертвования на обитель. В 1655 г., после взятия Вильно рус. войсками, были обретены и перенесены в В. м. мощи Виленских мучеников Антония, Иоанна и Евстафия, святыню поместили в пещерном склепе Свято-Духовской ц. В 1661 г. город вновь перешел к Речи Посполитой. В 1676 г. сейм запретил всем ставропигиальным мон-рям на территории Польского гос-ва обращаться по вопросам веры к К-польскому Патриарху и в спорных случаях предписал обращаться к гражданским судам.
С 1686 г., когда Киевская правосл. митрополия перешла под омофор Московского Патриарха, насельники В. м. получили возможность обращаться за помощью непосредственно в Москву (отдельные монахи В. м. с 1628 приезжали в Москву за милостыней). Грамотами Петра I Алексеевича 1703 и 1708 гг. братии разрешалось «приезжати в Московское государство для милости... сколько захотят». Мон-рю давали крупные пожалования Петр I, цесаревна Наталия Алексеевна. Однако виленские власти притесняли мон-рь и препятствовали его контактам с Россией. В 1721 г. братия В. м. писала в Святейший Синод РПЦ, что «униатский оффициал, остригши игумену Иоасафу Опоцкому волосы и связавши его, уволок в свою Сутенскую обитель, иноков разогнал, а тамошних прихожан принуждает у себя исповедоваться и причащаться». Братия просила Синод принять В. м. «в свою пастырскую и отеческую протекцию» и назначить выплаты (50 р. в год). Указом Синода от 2 апр. 1722 г. В. м. был признан ставропигиальным. В 1733 г. имп. Анна Иоанновна назначила материальную помощь виленским монахам в размере 100 р. ежегодно (выплачивалась до 1781). Указом Синода 1741 г. наместники В. м. назначались Киевскими митрополитами и утверждались Синодом.
Во время пожаров 1748 и 1749 гг. сгорел Свято-Духовский храм, др. монастырские постройки, архив обители. В 1751 г. виленские власти выдали братии разрешение на восстановление мон-ря. Виленский католич. еп. М. Зинкевич в письме канцлеру ВКЛ поставил условия восстановления правосл. храмов: колокольня не должна выделяться среди городских строений, монастырские ворота не должны иметь излишних украшений. Автором проекта восстановления мон-ря был архит. И. К. Глаубиц, строительство шло медленно из-за нехватки средств.
В 1795 г., после 3-го раздела Польши, г. Вильно вошел в состав Российской империи, Виленская губ. стала частью Минской епархии, В. м. перешел в подчинение Минскому архиерею, к-рый приписные к мон-рю церковные учреждения сделал самостоятельными. В мае 1797 г. В. м. был возведен во 2-й класс с сохранением за ним приписных Сурдегского, Кронского и Евейского мон-рей; по штату, в обители жили иеромонах и 2 диакона. Из казны на содержание В. м. ежегодно выделялись 2,5 тыс. р. В том же году Синод предписал Минскому архиеп. Иову (Потёмкину) подготовить план окончательного восстановления Свято-Духовского храма. В ответ архиеп. Иов сообщал, что в Вильне мало жителей правосл. вероисповедания; поскольку в городе нет приходских церквей, а в монастырском храме нельзя совершать требы, архиеп. Иов предложил упразднить мон-рь и Свято-Духовский храм обратить в городской собор. Однако указом 11 окт. 1806 г. Синод, «учитывая древность и знаменитость оного монастыря и непоколебимое пребывание обитающих в нем в Православии», не одобрил намерение архиерея. Имп. Александр I Павлович распорядился выделить мон-рю дополнительные средства, и к нач. 1812 г. Свято-Духовский храм был достроен. В ходе Отечественной войны 1812 г. в разоренной и оскверненной церкви жили франц. солдаты. После изгнания захватчиков храм был отремонтирован на средства виленского купца А. Слуцкого. В 1814 г. в пещерном склепе Свято-Духовского храма были обретены мощи мучеников Антония, Иоанна и Евстафия, в 1826 г. мощи были освидетельствованы и положены в храме для поклонения, в 1852 г. помещены в новую раку.
В 1833 г. В. м. был отнесен к 1-му классу, его священноархимандритами стали Виленские архиереи. Ежегодно мон-рь получал из казны 4176 р., на ремонтно-строительные работы в 1833 г. было выделено 15812 р. В 1836-1837 гг. архит. А. Порто перестроил Свято-Духовский храм: были открыты своды, надстроен купол, положен деревянный пол; в 1840 г. отреставрировали каменный иконостас, были установлены новые царские врата. В сер. 40-х гг. XIX в. на средства виленского генерал-губернатора возвели св. врата. 4 июня 1845 г. Литовский архиеп. Иосиф (Семашко) освятил престол обновленного Свято-Духовского храма, 2 июля ректор Литовской ДС архим. Евсевий (Ильинский) освятил придел во имя равноапостольных Константина и Елены; придел во имя ап. Иоанна Богослова служил ризницей. 14 апр. 1851 г. нижняя пещерная церковь Духовского собора была освящена во имя Виленских мучеников. По эскизам архиеп. Иосифа акад. И. Т. Хруцкий выполнил иконостас пещерной церкви.
К нач. 1839 г. в В. м. жили 5 насельников. Архим. Платон (Городецкий), ставший в этом году настоятелем обители, перевел из костромских мон-рей в В. м. 3 иеромонахов, 4 иеродиаконов и 4 послушников. Указом Синода 2 янв. 1886 г. было учреждено отд-ние В. м.- Борунский муж. мон-рь Ошмянского у. В 1897 г. отмечался 300-летний юбилей В. м., 14 апр. состоялся крестный ход из всех храмов Вильны в мон-рь. При архиеп. Виленском и Литовском Ювеналии (Половцеве), ревностно заботившемся о монашеской жизни в епархии, число насельников В. м. возросло: к 1 янв. 1904 г. в штате обители состояли архимандрит-наместник, 9 иеромонахов, 3 иеродиакона, 5 монахов и 34 послушника. В 1913 г. в В. м. была открыта гостиница, на устройство к-рой Виленский архиеп. св. Тихон (Белавин) пожертвовал 2 тыс. р. 14 апр., в день памяти Виленских мучеников, число паломников, приезжавших в обитель, превышало 6 тыс. чел.
После начала первой мировой войны духовенство В. м. несло дежурства на вокзале, перевязочных пунктах и в пунктах раздачи продовольствия, вместе с приходскими священниками окормляло 22 действовавших в городе лазарета. 25 сент. 1914 г. по пути на фронт В. м. посетил имп. св. Николай II Александрович, к-рому свт. Тихон и братия мон-ря преподнесли икону Виленских мучеников. В авг. 1915 г. указом Синода вместе с большинством правосл. населения Вильны в глубь России были эвакуированы также насельники В. м. По благословению свт. Тихона в мон-ре остались иеромонахи Савватий, Макарий и иеродиак. Никодим, хранившие обитель после прихода в город нем. оккупантов в 1-й пол. сент. 1915 г. 31 марта следующего года иером. Макарий был арестован, сослан в лагерь рус. военнопленных в Нойхаммер (Силезия), вскоре освобожден, но не смог вернуться в В. м. и нек-рое время находился на территории оккупированной немцами Гродненской епархии, где оказался единственным священнослужителем. На совершаемых иером. Макарием богослужениях собирались тысячи людей, временами детей к причастию передавали поверх голов плотно стоящей паствы, многие молились на улице. В мае 1917 г. иером. Макарий был вновь арестован и отправлен в один из концентрационных лагерей Германии, в кон. 1917 г. вернулся в обитель.
По Рижскому договору 1920 г. Виленский край отошел к Польше. Глава Виленской епархии архиеп. Елевферий (Богоявленский) осенью 1921 г. смог вернуться в Вильну, 1 окт. архиеп. Елевферий утвердил иером. Савватия, иером. Макария и иеродиак. Никодима в должностях соответственно наместника, казначея и эконома В. м. В 1922 г. архиеп. Елевферий, как и др. архиереи, не согласные с попытками властей добиться автокефалии для правосл. Церкви в Польше, были запрещены в служении Варшавским митр. Георгием (Ярошевским). В 1924 г. Польская Церковь неканонически перешла в юрисдикцию К-польского Патриархата, правительство проводило активную политику полонизации правосл. населения. В 1938 г. викарием Виленской епархии был назначен еп. Матфей (Семашко). Первая встреча еп. Матфея с виленским духовенством и верующими состоялась осенью 1938 г. в Свято-Духовском храме В. м. Обращение епископа к присутствующим на польск. языке вызвало резкое негодование со стороны верующих, епископу не дали закончить речь. В окт. 1939 г. Виленский край воссоединился с Литвой, в Вильнюс вернулся митр. Елевферий, возглавивший вновь объединенную Виленскую и Литовскую епархию РПЦ.
В 1982 г. был восстановлен и освящен придел ап. Иоанна Богослова Свято-Духовской ц., расширена нижняя пещерная церковь. Увенчанная резной сенью рака с мощами Виленских мучеников была поставлена в центре собора. В июле 1997 г., когда отмечалось 400-летие В. м. и 650-летие со времени кончины Виленских мучеников, Виленскую епархию посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. 25-26 июля 1997 г. в Свято-Духовском храме Предстоятель совершил всенощное бдение и литургию в сослужении 9 архиереев и местного духовенства. В дар обители Патриарх передал евхаристические сосуды.
В наст. время в В. м. располагаются резиденция архиеп. Виленского Хризостома (Мартишкина), к-рый является священноархимандритом мон-ря, и епархиальная канцелярия. К нач. 2004 г. в обители жили 4 архимандрита, игумен, 3 иеромонаха и иеродиакон. В мон-ре действует общедоступная б-ка (открыта в 1993), в к-рой по воскресеньям проходят встречи священнослужителей с мирянами. Устроена небольшая гостиница для паломников, с нач. 90-х гг. мон-рь ежедневно предоставляет бесплатные обеды 30 нуждающимся. C 1960 г. на территории В. м. также располагается вильнюсский во имя св. равноап. Марии Магдалины жен. мон-рь. В Свято-Духовском храме погребены мн. Виленские архиереи - священноархимандриты В. м. В пещерной церкви покоятся останки архиепископов Иосифа (Семашко), Александра (Добрынина) и Алексия (Лаврова-Платонова). Основной некрополь находится у сев. стены Свято-Духовского собора, напротив придела равноапостольных Константина и Елены.